任城区：济宁运河入湖口省级湿地公园、任城翠湖市级湿地公园

兖州区：兖州兴隆省级湿地公园

曲阜市：曲阜孔子湖国家湿地公园、崇文湖省级湿地公园、蓼河市级湿地公园

泗水县：泗河源国家湿地公园、尹城省级湿地公园、青源省级湿地公园、泗水金线河市级湿地公园

邹城市：太平国家湿地公园、北宿省级湿地公园、香城省级湿地公园、蓝陵省级湿地公园、市级湿地公园4处

微山县：微山湖、昭阳湖、独山湖与南阳湖共同构成我国北方地区的最大淡水湖泊——南四湖。山东南四湖省级自然保护区地跨微山县、鱼台县和我市任城区3个县（区），是济宁市唯一的1处“内陆湿地和水域生态系统”类型的自然保护区。2018年山东省南四湖省级自然保护区部分区域获批“国际重要湿地”。辖区内建有1处国家级湿地公园，1处市级森林公园。2013 年，微山湖国家湿地公园被评为“中国十大魅力湿地”

鱼台县：鱼台鹿洼、王庙旧城、西支河等市级以上湿地公园共3处

金乡县：金水湖国家湿地公园、彭越湖省级湿地公园、金桥市级湿地公园

嘉祥县：老僧堂省级湿地公园、吉祥湖省级湿地公园、金屯市级湿地公园

汶上县：汶上莲花湖省级湿地公园、大汶河省级湿地公园、红沙河省级湿地公园、南泉河市级湿地公园

梁山县：梁山泊国家湿地公园（试点）、梁山运河省级湿地公园

济宁高新区：蓼河省级湿地公园