孔德成迁往台湾以后，先后担任台湾大学教授、中央故宫博物院联管处主任委员、孔孟学会理事长、台湾考试院院长等职务，主持台北孔庙每年的祭孔活动。孔德成先生晚年积极推动两岸文化交流，先后为曲阜师范学校题词：百年树人。为孔颜曾孟后裔宗亲联谊会题词：通家累世。为曲阜国际孔子文化节题词：东方圣诞节。还应邀担任曲阜孔子研究院永久名誉院长等职务。

孔德懋解放后被下放劳动改造，她扫过大街，烧过砖瓦窑，但是一直乐观向上，笑对人生，宽厚地看待生活的变故。从1983年起，孔德懋作为无党派民主人士，当选第6、7、8届全国政协委员。现任中国孔子基金会副会长、中国和平统一促进会理事等多项职务。她每年都到回曲阜参加孔子文化节和祭孔活动，还经常到台湾地区以及日本、韩国访问，为继承和弘扬孔子文化事业，促进中外文化交流做了大量有益工作。

1990年，孔德懋前往日本访问，恰好弟弟孔德成在日本丽泽大学讲课，姐弟俩邂逅相遇，再续亲情。之后，孔德成写了一副对联寄给姐姐：“风雨一杯酒，江山万里心”。孔德懋将其悬挂在北京家中的客厅里。经常讲述和弟弟一起在孔府里生活的故事。

2008年10月28日，孔德成因心肺衰竭于台北病逝，享寿88岁。台湾为孔德成举行公祭仪式。中国国民党荣誉主席连战担任治丧委员会主任委员，马英九发表追思感言。公祭后，孔德成灵柩引至台北县三峡镇龙泉公墓，安葬在其长子孔维益的墓旁。

在中国历史上，共有两位衍圣公没有葬在曲阜孔林。第一位是北宋末年的孔子第四十八代嫡孙孔端友，他跟随宋高宗南渡，安家在浙江衢州，延续成孔氏南宗。第二位就是末代衍圣公孔德成。孔德成先生生逢乱世，一生坎坷，他和大孔府的故事是那个风云激荡的时代的缩影。